Posición abierta para Beca de Iniciación Doctoral de Agencia I+D+i

Resumen

Fecha de inicio de la beca: 1ero de junio de 2022.

Fecha de cierre de la convocatoria: 15 de mayo de 2022.

Lugar de trabajo: Yatiris, Instituto PLADEMA, Facultad de Ciencias Exactas, UNICEN (Tandil, Argentina).

Tema: Estrategias para el entrenamiento eficiente de algoritmos de aprendizaje profundo para asistencia al diagnóstico de la retinopatía diabética.

Requisitos: Título de Ingeniero/a de Sistemas, de Software o de Informática, o Licenciatura en Informática o Ciencias de la Computación, o Licenciatura en Matemática. Es indispensable contar con conocimientos avanzados de programación. Se valora la experiencia en desarrollo de algoritmos de inteligencia artificial, manejo de idioma inglés y antecedentes de investigación y docencia (por ejemplo, en becas de iniciación a la investigación o pasantías).

Investigador responsable: Dr. José Ignacio Orlando (CONICET, UNICEN).

Contacto: jiorlando@pladema.exa.unicen.edu.ar.

La beca

Estamos buscando candidatos/as para acceder a una beca doctoral ya asignada a nuestro laboratorio en el marco de un proyecto PICT startup que busca desarrollar algoritmos de deep learning para el reconocimiento automático de patologías oculares a partir de fotografías de fondo de ojo.

Se trata de una Beca Doctoral de Nivel Inicial otorgada por la Agencia I+D+i para formarte en el marco del Doctorado en Matemática Computacional e Industrial (DMCI, categoría B según la CONEAU) de la Facultad de Ciencias Exactas de la UNICEN. La beca tiene una duración de 3 años, y corresponde a un estipendio que se te paga mensualmente para que realices el doctorado en nuestro laboratorio. Son de dedicación tiempo completo (40 horas semanales), sólo compatibles con un cargo docente según reglamento. Al término de la beca, podés aplicar a la beca de finalización de doctorado de CONICET para completar los 5 años del doctorado. Si hay algunos meses de diferencia con el llamado de la beca de finalización, la Agencia nos puede otorgar una prórroga hasta que estén los resultados, y prolongarla hasta que estés dado/a de alta, para evitar que quedes colgado sin sueldo unos meses.

El monto de la beca a marzo de 2022 es de AR$ 88.021, al que puede adicionarse el salario de un cargo docente, en caso de tenerlo. Podés conocer más sobre la beca en el sitio de la Agencia, o leyendo el reglamento de la beca.

El/la becario/a desarrollaría su tesis doctoral en nuestro Grupo de Análisis de Imágenes Médicas, Yatiris, parte del Instituto PLADEMA, de triple dependencia Facultad de Ciencias Exactas de la UNICEN (Tandil) / CIC-PBA / CNEA, bajo la dirección del Dr. José Ignacio Orlando.

Requisitos mínimos

Para aplicar al concurso por esta beca, pedimos como requisito mínimo un título de grado en Ingeniería de Sistemas, de Software o de Informática, o Licenciatura en Informática o Ciencias de la Computación. También pueden aplicar Licenciados/as en Ciencias Matemáticas o afines con conocimientos avanzados de programación.

Vamos a valorar positivamente:

• Conocimientos avanzados de programación, sobre todo en lenguaje Python.
• Conocimientos previos en probabilidades y estadística, machine learning, deep learning e inteligencia artificial.
• Manejo intermedio/avanzado del idioma inglés.
• Motivación y entusiasmo para realizar tareas de investigación de manera interdisciplinaria, colaborando con médicos/as, informáticos/as y matemáticos/as, asistiendo a conferencias internacionales a presentar tus trabajos y escribir artículos científicos.

El proyecto

El plan de trabajo contempla introducir nuevos enfoques basados en deep learning y procesamiento de imágenes de la retina para facilitar el diagnóstico de la retinopatía diabética. Nos proponemos por un lado resolver problemáticas asociadas al análisis de imágenes médicas, y por el otro proponer algoritmos novedosos capaces de mejorar los que existen actualmente. En particular nos enfocaremos en brindar soluciones aplicadas que puedan integrarse en retinar, la plataforma de inteligencia artificial para asistencia al diagnóstico de la retinopatía diabética que estamos desarrollando en el marco del PICT startup en el que se inscribe la beca.

En particular, queremos desarrollar algoritmos para detectar probabilísticamente la enfermedad, medir el grado de incerteza de los algoritmos, hallar lesiones típicas de la enfermedad, controlar la calidad de las imágenes para descartar estudios que no puedan ser analizados y explorar nuevos biomarcadores a partir de la geometría de los vasos sanguíneos. Google hizo algo parecido en la India, como se ve en este video tremendo narrado por Iron Man. Queremos hacer algo parecido acá, con nuestros propios métodos, 100% argento, para que no haya que comprarle a Google una solución: a fin de cuentas, tenemos todo lo necesario para hacerlo nosotros! Colaboraremos para eso con el Hospital El Cruce de Florencio Varela, que tiene su propia red de telemedicina oftalmológica. En el marco de retinar, buscaremos que tus algoritmos puedan incorporarte rápidamente en la plataforma que estamos desarrollando, para aplicarlos en pacientes reales.

Durante el doctorado vas a trabajar supervisado/a por mí, que trabajo con este tipo de métodos e imágenes hace ya algún tiempo. Durante el transcurso de la beca vas a formarte en el uso de herramientas para deep learning (Python, Pytorch, Visdom, Tensorboard), aprender banda de conceptos de inteligencia artificial, escribir varios papers y eventualmente hacer alguna que otra pasantía en laboratorios amigos en EE.UU., Bélgica, Austria o Buenos Aires. La iniciativa involucra por supuesto aprender también conceptos de análisis de imagen, visión computacional y machine learning, y embarrarnos un toque con una matemática no muy áspera pero que siempre viene bien aprender :)

Si querés saber más, mandame un mail a jiorlando@pladema.exa.unicen.edu.ar y nos juntamos o hacemos una teleconferencia para conversar un poco más del tema. También podés encontrar más información sobre temas relacionados en algunas de nuestras publicaciones más recientes.

Yatiris y PLADEMA

Como parte de este proyecto te incorporarías a Yatiris, el Grupo de Análisis de Imágenes Médicas de PLADEMA. PLADEMA es un instituto de investigación de referencia a nivel nacional en materia de informática aplicada. Ubicados en el hermoso Campus Universitario de la UNICEN, contamos con numerosos investigadores responsables distribuidos en varios grupos de investigación que se enfocan en diversas áreas, yendo desde la computación gráfica y la simulación hasta el análisis de redes de energía y sistemas de transporte.

Yatiris funciona en el nuevo edificio del Instituto PLADEMA, también ubicado en el Campus Universitario. Además de un excelente clima de laburo, contamos con acceso a recursos de cómputo suficientes para que puedas trabajar sin inconvenientes y hacer los experimentos necesarios. Actualmente tenemos 3 servidores con 6 GPUs NVIDIA capaces de entrenar algoritmos de deep learning, y cada estudiante tiene su propia PC de última generación con una GPU NVIDIA 3060 para trabajar. Contamos además con acceso a bases de datos de imágenes de la retina tanto nuestras como del Hospital El Cruce, y contacto con instituciones de salud en Argentina, Bélgica, Portugal, EE.UU. y Austria como para acceder a datos extras.

Cómo aplicar

Si te interesa participar del concurso por esta beca, te pedimos que envíes un mail a jiorlando@pladema.exa.unicen.edu.ar, con el asunto APLICACIÓN BECA PICT STARTUP, que incluya:

• Un CV completo.
• Una nota motivacional tuya indicando por qué te gustaría aplicar a esta beca.
• En lo posible, una carta de referencia de tu director/a de tesis de grado o algún referente con quien hayas trabajado.

Como se indica en el artículo 5 del reglamento de la beca, todos/as los/as candidatos/as serán evaluados por un jurado conformado por 3 investigadores/as de nuestro laboratorio, quienes seleccionarán al mejor candidato o la mejor candidata. Una vez seleccionado/a, presentarás la documentación ante Agencia y vas a poder empezar a trabajar con nosotros.

Tené en cuenta que no es una beca de CONICET. Es decir, no pasás por un concurso nacional contra muchos postulantes, si no que la cantidad de aplicaciones es mucho más limitada.

Mucha suerte! Te esperamos!